Otomo Yoshishige era il daimyo della provincia di Bungo, nel Kyushu, ed esponente del clan degli Otomo, una delle famiglie aristocratiche più potenti dell'isola. Nel 1551 strinse ottimi rapporti con Francesco Saverio, nella speranza di attirare le navi mercantili portoghesi. Nello stesso anno, suo fratello minore, Otomo Hachiro, divenne signore della regione di Yamaguchi, evento accolto con favore dai missionari, i quali avevano già individuato nel clan Otomo dei loro sostenitori e protettori. Nel tempo, infatti, Yoshishige maturò una profonda conversione al cristianesimo, anche se si sarebbe fatto battezzare solo nel 1578 con il nome di don Francisco. Ancora prima di farsi battezzare, aveva concesso ai gesuiti di predicare nel suo territorio e di costruire chiese, scuole e ospedali con il suo supporto finanziario. Anche le sue scelte politiche e morali furono presto influenzate dal cristianesimo: allontanò dal suo palazzo un suo giovane amante, si adoperò per alleviare le sofferenze dei poveri e legiferò contro l’aborto, l’infanticidio e l’abbandono di bambini, imponendo che le donne che non potevano mantenere i propri figli li affidassero alle cure dei padri missionari. In seguito al battesimo, i suoi sforzi per la cristianizzazione dei suoi domini aumentarono: ai suoi sudditi fu ordinato di convertirsi, come dimostra il fatto che, insieme a lui, furono battezzate altre 70 mila persone. Numerosi templi buddisti e santuari shintoisti vennero distrutti, e i bonzi buddisti, assai ricchi e potenti nel Giappone di allora, furono espulsi. Yoshishige fu anche determinante nell’influenzare le idee di Alessandro Valignano, l’ideatore del metodo dell'inculturazione gesuitica. Nel 1580 infatti, durante un colloquio con il visitatore, il daimyo criticò il metodo del superiore della missione, Francisco Cabral, e si lamentò della poca fiducia che i gesuiti avevano nei neoconvertiti e dell’atteggiamento arrogante proprio di molti missionari, i quali avevano scarsa conoscenza della cultura giapponese. Yoshishige morì nel 1587 durante una campagna militare in cui, alleato di Toyotomi Hideyoshi, stava combattendo contro il clan degli Shimazu, suoi nemici territoriali.