La Compagnia di Gesù del '500 fu caratterizzata da un particolare atteggiamento conciliante e accogliente verso gli ebrei: il suo fondatore, Ignazio di Loyola, si rifiutò di applicare gli statuti della limpieza de sangre, allora assai diffusi in Spagna, ammettendo nel suo ordine anche i "marranos". Non solo: egli aprì a Roma un collegio per preparare al battesimo i non cristiani, soprattutto gli ebrei, dichiarando addirittura che se avesse avuto origine ebraica sarebbe stato più vicino a Gesù e a Maria. Questa apertura verso gli ebrei attirò molti "cristiani nuovi" nella Compagnia, come Diego Lainez, amico e successore di Ignazio, il quale scrisse che infedeli ed ebrei, se convertiti, sarebbero diventati dei fedeli migliori dei "cristiani vecchi". Una simile osservazione fu fatta anche dal rettore del collegio gesuitico di Alcalà, il quale lodò la virtù degli allievi convertiti rispetto agli altri. Il successore di Lainez, Francisco de Borja, sempre esprimendosi contro la limpieza de sangre, riprese la frase di San Paolo per cui "non vi è più né giudeo né greco, né barbaro né scita". Anche secondo il teologo gesuita Juan de Mariana non era possibile che un'infamia (come era considerato l'essere ebrei) potesse tramandarsi per generazioni. Vi furono anche gesuiti ebrei italiani, come Gian Battista Eliano, egiziano convertitosi, e Antonio Possevino, che ricordava provocatoriamente che Gesù era ebreo. E' possibile che proprio l'origine ebraica di molti gesuiti abbia favorito il loro atteggiamento di studio verso le altre culture, essendo essi stessi immersi in una cultura della diversità. Nell'opera missionaria gesuita infatti ebbero importanza cristiani nuovi come il segretario Juan de Polanco e Jose de Anchieta, l' "apostolo del Brasile". Questo atteggiamento filo-ebraico fu talvolta fonte di problemi e imbarazzo per la Compagnia e i suoi membri: l'origine di Lainez fu in seguito nascosta dallo storico gesuita Francesco Sacchini, ed è probabile che l'ascendenza ebraica di Polanco abbia contribuito a impedirne l'elezione a generale. Inoltre, nel 1593, su pressione esterna, la Compagnia chiuse temporaneamente le porte ai cristiani nuovi, per poi riaprirle poco dopo.