Le reducciones gesuitiche del Paraguay, nonostante la loro fama di società armoniose e pacifiche, avevano bisogno di essere armate per la propria sicurezza. Infatti i Guayacurùes, popolazioni indigene ostili, talvolta attaccavano le missioni per saccheggiarle e fare schiavi. Tuttavia, la minaccia maggiore era rappresentata dai bandeirantes. Questi erano coloni portoghesi e meticci, spesso accompagnati da indigeni Tupi loro alleati, che attuavano spedizioni volte a distruggere le reducciones per fare schiavi gli indios che vi risiedevano. Inoltre, le reducciones, trovandosi formalmente nei domini spagnoli, erano tenute a fornire dei contingenti militari ai governatori di Buenos Aires e Asunciòn. Dunque, nel corso del '600 i gesuiti e le autorità spagnole provvidero ad armare e organizzare militarmente i Guaranì e gli altri indios delle missioni. Ogni reducciòn  formò dunque delle milizie indigene, composte da soldati sia a piedi che a cavallo. I missionari raccontano infatti che i nativi, una volta terrorizzati dai cavalli, avevano col tempo acquisito una grande abilità nel cavalcare, anche senza briglia e armati di lancia. La fanteria era inizialmente armata con archi, frecce, fionde e clave; tuttavia, quando gli indios dovettero confrontarsi con i bandeirantes, fu evidente la necessità di dotarsi di armi da fuoco. Avvenne quindi che, a partire dal 1645, gli spagnoli permisero agli indigeni delle reducciones di usare armi da fuoco: si crearono così reggimenti di fanti armati di picche e archibugi. Le armi venivano normalmente tenute in apposite armerie, sorvegliate da un ufficiale indigeno incaricato, e usate solo durante le esercitazioni, che si svolgevano nella piazza principale. In occasione delle feste e delle processioni religiose, al suono di tamburi e trombe, le milizie, guidate dagli ufficiali vestiti con eleganti abiti colorati, sfilavano per tutto il villaggio fino alla chiesa. A causa della costante minaccia dei bandeirantes, fuori dalle missioni vi erano sempre delle sentinelle, a piedi o a cavallo. Inoltre, per essere pronti in qualsiasi momento ad un attacco dall'esterno, i gesuiti concessero ai nativi di portare arco e frecce anche in chiesa.