Nel corso del '500, la Chiesa si rese conto della situazione di degrado, morale e materiale, in cui si trovava buona parte della popolazione italiana, soprattutto nelle isole, nelle campagne e in montagna. I missionari tentarono dunque di ri-evangelizzare queste zone, soprannominate "le nostre Indie". Un problema di queste regioni, oltre alla povertà, era l'inadeguatezza e l'assenteismo del clero locale. Sull'isola di Capraia l'unico prete era un ignorantissimo soldato, per di più sposato e con figli. In Corsica, il clero viveva in modo pressoché indistinguibile dai laici, e il vescovo era perennemente assente. L'ignoranza religiosa era dunque diffusissima: nelle campagne laziali e meridionali, molti non sapevano fare il segno della croce, pensavano che la Trinità fosse composta da Gesù, Giuseppe e Maria e credevano nell'esistenza di centinaia di dei. Secondo il vescovo di Ampurias, in Sardegna, era più facile educare alla fede gli indios del Perù che i contadini sardi, perché nel caso di questi ultimi, oltre che insegnare, bisognava sradicare le credenzee erronee. I popolani tuttavia erano ben disposti a imparare: nelle Marche per esempio, i padri badavano al gregge al posto dei figli affinché questi potessero ascoltare le prediche dei gesuiti. Sempre in relazione ai "selvaggi" d'America, certi costumi del popolo impressionavano i missionari: per esempio, alcuni montanari bevevano il sangue di camoscio per depurarsi. Spesso la miseria era fonte di corruzione morale: la dispersione, causata dal doversi continuamente spostare per sostentarsi, portava i pescatori e i vaccari della Sabinia a frequentare osterie e prostitute, col rischio di alcolismo e malattie veneree e conseguente rovina delle famiglie. Per combattere queste situazioni, molti gesuiti esortavano il potere politico a intervenire: Nicolas Bobadilla, vista la povertà di molti calabresi, cercò di convincerè il vicerè spagnolo di Napoli a concedere dei sussidi alla popolazione. Silvestro Landini invece suggeriva al governo genovese di abbattere le casupole isolate in cui viveva la popolazione in Corsica per riunirla in nuovi centri urbani, ritenendo la città alla base del vivere civile e razionale.