Tra ‘500 e ‘600 i giapponesi di etnia Yamato intensificarono la propria influenza sulla parte meridionale dell’isola di Azuchi, da loro chiamata Hokkaido, termine traducibile con “Via del mare del Nord”. L’isola era allora abitata dalla popolazione degli Ainu, originaria della Siberia. Per molto tempo, i coloni giapponesi insediatisi a sud commerciarono pesce, seta e pellicce con gli Ainu, imponendogli anche il pagamento di alcuni tributi. Vi fu una svolta in seguito alla Restaurazione Meiji: nel 1869, il governo imperiale occupò l’intera isola e istituì l’Agenzia per lo sviluppo dell’Hokkaido per favorire l’insediamento di coloni e lo sviluppo agricolo, minerario e industriale dell’isola. Gli obiettivi erano molteplici: limitare l’espansionismo russo nella regione, mostrarsi come una potenza coloniale agli occhi degli europei, sfruttare le materie prime dell’isola e tentare di risolvere problemi come la disoccupazione e la decadenza delle famiglie di ex-samurai assegnando terre ai coloni. Nel 1874 fu dunque inviato un primo gruppo di coloni-soldati sull’isola. Non potendo coltivare il riso a causa del clima freddo, i giapponesi impiantarono a Hokkaido le colture della segale, dell’avena, del grano e l’allevamento di bovini. Venne anche sviluppata l’industria estrattiva, favorita l’espansione delle città e la costruzione di infrastrutture e ferrovie. A farne le spese fu il popolo Ainu: infatti, mentre tra gli anni ’70 e ’80 dell’800 la popolazione dello Hokkaido passò da 58 mila a 240 mila abitanti, quella degli Ainu passò dai circa 80 mila nel ‘700 a poco più di 10 mila nel 1870. Le terre degli Ainu furono confiscate e assegnate ai coloni giapponesi, molti indigeni furono trasferiti nelle regioni più inospitali e improduttive dell'isola e fu loro vietato di cacciare. Il governo tentò di rendere gli Ainu dei contadini, col risultato che finirono per trasformarsi in semplice manodopera a basso costo per i giapponesi. Essi subirono anche un processo di assimilazione forzata alla cultura Yamato: il governo impose loro di assumere nomi giapponesi, mandare i loro figli in scuole giapponesi e abbandonare alcune pratiche culturali giudicate “barbare”, come i tatuaggi e i sacrifici animali. Un aspetto particolare della colonizzazione giapponese dello Hokkaido è l’influenza che gli americani ebbero su di essa. Furono infatti ex funzionari ed esperti americani a suggerire ai giapponesi quali colture impiantare sull’isola, e il governo imperiale, nel suo trattamento degli Ainu, prese come modello le politiche del governo americano sulle riserve indiane.