Nel contesto della Riforma protestante, si instaurò un clima religioso instabile, che favorì la nascita di molteplici correnti confessionali cristiane e di un forte pluralismo religioso, aprendo però anche la strada a sette e a esperimenti sociali considerabili devianti. Tra questi vi fu l’esperimento anabattista di Münster: la città era divisa tra i riformati, guidati dall'ex sacerdote Rothmann, che si era alleato con artigiani e ceti popolari, e il vescovo Franz von Waldeck, capo dell'oligarchia nobiliare ed ecclesiastica; in città, nel frattempo erano migrati migliaia di anabattisti. Questi nel 1534, guidati dal fornaio Jan Matthys (che si proclamava il nuovo Enoch) e da Giovanni di Leida ("re di Israele"), cacciarono cattolici e luterani, instaurando un regime teocratico ispirato al modello veterotestamentario, con la condivisione dei beni e delle donne e pratiche di "purificazione" come i roghi di tutti i libri (eccetto la Bibbia) e riti collettivi di purificazione.

Il “regno millenario” di Münster divenne presto un simbolo per il movimento anabattista europeo, percepito come esperimento di giustizia per gli oppressi contro i tiranni. Tuttavia, agli occhi del resto del mondo religioso (cattolico e luterano) rappresentava la nuova Gomorra, giudizio corroborato anche da ciò che accadeva realmente: alla morte di Jan Matthys, Giovanni di Leida divenne l'unico leader, ed esso, dopo una breve collaborazione con “12 giudici di Israele”, fu proclamato “re di Sion” e dell’intero mondo da un orefice olandese durante un’assemblea pubblica. Giovanni obbligò i sudditi a inchinarsi davanti a lui e praticò la poligamia, prendendo diciotto mogli in totale e uccidendo gli oppositori. Tutto ciò avveniva in un clima millenarista, ulteriormente esasperato dall’assedio che la città subiva da parte delle forze cattoliche e luterane, solitamente ostili tra loro ma unite contro il comune nemico anabattista.

Infine, dopo quindici mesi di assedio, Münster, stremata dalla fame, cadde. Gli anabattisti furono trucidati, e Giovanni, dopo essere stato torturato, venne infine decapitato. I suoi resti furono esposti in gabbie in una torre civica della chiesa della città, tutt'oggi presenti.