Nel 1949, mentre la neonata Repubblica Italiana si affacciava al nuovo mondo bipolare della Guerra Fredda, nasceva all'interno del Viminale (ovvero il Ministero dell'Interno) una struttura parallela destinata a rimanere nell'ombra per decenni: l'Ufficio Affari Riservati (UAR), nominalmente al servizio del Capo della Polizia. Ufficialmente creato per coordinare le informazioni tra i diversi corpi di polizia, lo UAR divenne ben presto molto di più: un vero e proprio servizio segreto di intelligence interno, parallelo al SIFAR prima (1949-1966) e al SID poi (1966-1977), i servizi segreti "ufficiali". Dal 1952 al 1974 la figura chiave di questo Ufficio fu il prefetto Federico Umberto D'Amato; durante la sua direzione, soprattutto dal 1971 al 1974, l'Ufficio sviluppò una rete capillare di informatori e collaboratori che spaziava dal mondo politico a quello giornalistico, dal sindacato alle università. D'Amato, figura controversa e potente, trasformò lo UAR in uno strumento di controllo sociale e politico, operando in una zona grigia tra legalità e arbitrio, stringendo legami con gli ambienti della destra eversiva. L'attività dell'Ufficio si concentrò inizialmente sulla sorveglianza dei movimenti comunisti e socialisti, ma con il tempo estese la sua influenza a tutti i settori sensibili della società italiana. Dossieraggi massivi, intercettazioni illegali, manipolazione dell'informazione: lo UAR operava secondo logiche proprie, spesso in contrasto con i principi democratici della Costituzione repubblicana. Lo UAR sarà il protagonista assoluto della stagione dei depistaggi, seminando in giro prove false o nascondendo le prove o gli indagati, come accertato nei diversi processi per l'attentato a Piazza Fontana. L'archivio dell'Ufficio, scoperto solo in una palazzina sulla via Appia nel 1996 dallo storico Aldo Giannuli, conteneva oltre 157.000 fascicoli personali, testimonianza di un controllo pervasivo sulla vita dei cittadini. Come scrive la studiosa dello stragismo Benedetta Tobagi, lo stato volutamente disordinato e frammentario delle carte segnalava il fatto che "una gestione atipica della documentazione era applicata nel cuore degli organismi istituzionali per ritagliare spazi che fossero in realtà sottratti ad ogni controllo".