La musica fu un elemento fondamentale nelle missioni gesuitiche del Paraguay. Ciò fu dovuto alla tradizionale importanza che i gesuiti le attribuivano nella diffusione della fede e alla conoscenza che essi avevano a riguardo. Quasi tutti i gesuiti avevano infatti una basilare preparazione musicale, e alcuni di loro erano degli esperti compositori e strumentisti. Inoltre, le popolazioni locali (i chiquitanos, i guayacurù, i guaranì) mostravano un particolare apprezzamento e fascinazione per la musica europea. I primi nuclei di indigeni furono attirati dai missionari anche attraverso l’ascolto di canti sacri e suoni di strumenti musicali. Successivamente, erano gli stessi indigeni convertiti, educati nelle missioni, a cantare e suonare per attirare gli indios della foresta. Nelle reducciones, i gesuiti inizialmente insegnarono ad alcuni giovani nativi dei canti sacri in lingua spagnola, che questi poi cantavano per le strade del villaggio. In breve tempo, essi compresero che gli indigeni apprezzavano maggiormente i canti nella loro lingua, poiché al fascino della musica europea si univa la comprensione dei testi. I missionari dunque cominciarono a scrivere odi in lingua guaranì, e anche alcuni degli indigeni cominciarono a comporne. Le rappresentazioni musicali si svolgevano principalmente la domenica, in occasioni di processioni religiose o festività come la Pasqua e il Natale, solitamente in chiesa o nella piazza antistante. La carriera di corista, strumentista o direttore del coro era molto ambita dagli indigeni: avere un figlio musicista era motivo di grande orgoglio, anche perché apriva spesso le porte ad una carriera nell’ambito del governo del villaggio. Per questo motivo, a ricevere un’educazione musicale erano soprattutto i figli dei cacicchi e dei capitribù. In alcune reducciones vi erano anche botteghe nelle quali si producevano violini, flauti e violoncelli. Ludovico Antonio Muratori racconta che, udendo l'Ave Maria della sera, i piccoli indios erano soliti intonare orazioni sacre, e che una volta un vescovo spagnolo, in visita ad una missione nell’Uruguay, rimase talmente colpito dall’abilità di un giovane violoncellista che accompagnava il coro da chiedergli di esibirsi da solista. I gesuiti esperti di musica provenivano non solo dalla Spagna, ma anche dal Belgio, dalla Francia e dal mondo tedesco. A tal proposito, a inizio ‘700 il gesuita tirolese Anton Sepp, esperto concertista e polifonista, volle ricreare un Natale “tirolese” per i nativi, allestendo un presepe e traducendo in guaranì un tradizionale canto tirolese.