Nel 1571 in Ottobre, al largo del Golfo di Patrasso si combattè una delle battaglie più importanti nella storia del Mediterraneo moderno nonchè ultima battaglia ad assistere all'utilizzo di galee come navi d'attacco: la Battaglia di Lepanto. La flotta della Lega Santa, composta principalmente da forze veneziane e spagnole, sconfisse definitivamente la flotta turca dell'Impero Ottomano, assestando un colpo decisivo al proprio nemico. In questa vittoria il ruolo dell'intelligence veneziana fu di estrema rilevanza e permise di contribuire in modo decisivo alla vittoria della Lega.

La Serenissima aveva costituito un efficiente sistema di spie a Istanbul, Alessandria, Smirne e Algeri con l'obbiettivo di raccogliere su base quotidiana, dettagliate informazioni sul movimento della flotta ottomana. Grazie agli agenti veneziani la Serenissima venne informata in tempo delle intenzioni del Sultano Selim II di attaccare Cipro, una roccaforte veneziana nel Mediterraneo orientale. La comunità di mercanti, diplomatici e dignitari veneziani a Istanbul era notevole e Venezia utilizzo spesso persone reclutate in loco per adempiere a missioni di spionaggio. Messaggi cifrati e bollettini informativi venivano spediti in patria nascosti dentro a libri, botti di vino  o addirittura occultati tramite messaggi in codice all'interno di libri contabili commerciali.

Agenti veneziani riuscirono ad infiltrare gli stessi apparati burocratici ottomani, sfruttando lo scontento dei Giannizzeri, creando confusione amministrativa e logistica mirata a rallentare i rifornimenti e l'allestimento della flotta turca nei cantieri navali. In questa fitta rete di informatori un ruolo centrale era ricoperto dal Bailo veneziano presso la corte del Sultano. Il Bailo era l'ambasciatore di Venezia e oltre all'incarico diplomatico venne insignito segretamente anche di quello di capo dell'intelligence locale. Altro importante ruolo era quello dei Dragomanni che lavoravano per il Bailo, ovvero intepreti abili nella lingua turca e in grado di tradurre e trasmettere a Venezia il contenuto di documenti riservati.

Il trionfo di Lepanto è dovuto al contributo e all'efficienza di questa complessa macchina di spionaggio.