Nel 1258 si consumò uno degli eventi più tragici e sanguinosi della storia del Medio Oriente: l'assedio e la distruzione della città imperiale abbaside di Baghdad, da parte dei Mongoli. Questo episodio segnò una profonda frattura nella storia del mondo islamico, ponendo fine alla dinastia di sovrani illuminati che da quattro secoli dominavano l'Islam, e le cui conseguenze culturali e politiche si fecero sentire nei secoli a venire.

L'armata mongola, guidata da Hulagu Khan, nipote di Gengis Khan, intraprese una campagna di espansionismo aggressivo dall'Asia centrale verso ovest e verso il Medio Oriente. Hulagu era stato specificamente incaricato dal Gran Khan Mongke di sottomettere i popoli arabi islamici, percepiti come un ostacolo e una minaccia ai domini mongoli. Fino a quel momento, da quasi tre secoli, Baghdad era stata la sede del Califfato abbasside e la città più grande e ricca del mondo, con le sue moschee, biblioteche e mercati.

Il governante Al-Musta'sim sottovalutò il pericolo rappresentato dall'orda mongola e le fonti sono discordanti riguardo alle ragioni. Che sia stato a causa di consiglieri poco fidati o per indecisione personale, il sovrano si rifiutò di inviare rinforzi alle guarnigioni a nord o di cercare alleanze con altre potenze islamiche. Di conseguenza, Hulagu si avvicinò a Baghdad senza incontrare grandi resistenze, alla guida di un esercito di quasi 100.000 uomini. L'assedio iniziò nel gennaio 1258 e i mongoli, maestri nell'arte dell'assedio, utilizzarono ingegnosi congegni per assaltare le mura fortificate: torri mobili e catapulte vennero prontamente schierate. Dopo sole due settimane, Baghdad si arrese alle forze nemiche sovverchianti.

Per quasi una settimana la città subì un brutale saccheggio e un massacro sistematico di ogni abitante; le cifre variano, ma le stime più attendibili parlano di centinaia di migliaia di morti. Palazzi e moschee vennero dati alle fiamme, così come le biblioteche. Da questo momento in poi il centro del potere islamico si spostò verso l'Egitto e Baghdad da faro della conoscenza e della civiltà si trasformò in un deserto di rovine e decadenza.